El departamento de Guainía posee solo 7 Corregimientos,y un municipio que a su vez es su capital Inírida,antes conocido como Puerto Inírida o Puerto Obando, la capital del departamento . Inmenso, se extiende hacia la mitad del río Inírida, su tributario principal.
Las demás poblaciones con corregimientos administrados por la gobernación (corregimientos departamentales), un caso que sólo se repite en Amazonas y Vaupés.
Los corregimientos departamentales son:
La mayoría del territorio departamental son resguardos indígenas, una realidad que no agrada mucho a los principales dueños de la tierra en el departamento por su condición de inembargables, inenajenables e imprescriptibles. Uno de los más grandes es el de Chorro Bocón, en el Inírida medio.